O programa é responsável por planejar, monitorar e avaliar de maneira integrada a atuação das equipes de Saúde da Família nas escolas, além de articular para a inclusão dos temas relacionados às ações do Programa Saúde na Escola nos projetos político-pedagógicos das escolas, definir as escolas federais, estaduais e municipais a serem atendidas no âmbito do programa Saúde na Escola, considerando as áreas de vulnerabilidade social, os territórios de abrangência das Unidades Básicas de Saúde e o número de equipes de Saúde da Família implantadas, e entre outras ações de acompanhamento aos ainda estudantes.
As equipes de saúde (que devem atender as escolas de sua abrangência) se adaptam de acordo com as necessidades do projeto: pactuando formas e frequência de reuniões, promovendo a interação dos setores Saúde e Educação respeitando a competência do setor Educação no âmbito de sua governabilidade sobre as escolas.
A coordenação do programa tem papel fundamental na organização do processo inicial de formulação do projeto municipal e também na sua implementação. É responsável por assumir as funções de gerência do projeto municipal, promovendo a mobilização das equipes de Saúde e Educação.